Catorce años después del Tercer Impacto, la Tierra es un páramo posapocalíptico, la civilización humana está en ruinas y las personas que conoce Shinji Ikari son casi irreconocibles. Atrapado dentro de la Unidad-01 de Evangelion, Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami lo recuperan del espacio, solo para encontrarse prisionero de WILLE, una facción militar dirigida por su ex tutora Misato Katsuragi. Fríos y amargados, sus antiguos aliados lo ven con recelo y se niegan a apoyarlo mientras acepta las consecuencias de sus acciones. Un Shinji herido y confundido es rescatado de WILLE por Rei Ayanami y regresado a la sede de NERV. Allí, conoce y rápidamente se hace amigo del enigmático Kaworu Nagisa, quien le ofrece calidez y comprensión del estado de la guerra de NERV con los Ángeles. Pero el breve respiro de Shinji y Kaworu se encuentra en vísperas de una nueva batalla, una en la que Shinji descubre que sus enemigos ya no son ángeles sino antiguos camaradas. En esta amarga confrontación para determinar el futuro del mundo, Shinji aprenderá de primera mano que el pasado realmente no se puede deshacer.