Aventurándose en el desierto, el escéptico Ryouta Murakami y el ambicioso Kuroneko estaban en una búsqueda para probar la existencia de vida extraterrestre cuando ocurrió un trágico accidente, segando a Kuroneko de su vida y dejando a Ryouta en un estado gravemente herido. Han pasado diez años desde el desastre y Ryouta ahora vive una vida normal en la escuela secundaria. Jura demostrar que los extraterrestres son reales en honor a su difunto amigo. Un estudiante transferido llamado Neko Kuroha llega inesperadamente un día, con un parecido sorprendente con el difunto Kuroneko, incluso compartiendo un nombre similar. Lo más misterioso es que parece poseer poderes sobrenaturales. A medida que Ryouta se interesa más por Neko, se ve envuelto en un mundo mortal donde científicos peligrosos cazan brujas mágicas que han escapado de su laboratorio de investigación secreto. Neko es uno de estos fugitivos, pero hay muchos otros que se encuentran en situaciones similares, y depende de Ryouta protegerlos de sus posibles captores.